En France, la mise en place d'actions Natura 2000 se traduit localement par des engagements contractuels basés sur le volontariat. Ces engagements peuvent petre pris par différents acteurs (commune, propriétaire privé, agriculteur...) et encadrent des pratiques permettant soit le maintien des habitats et espèces reconnus comme d'intérêt communautaire, soit leur restauration.

Ces contrats portent sur les parcelles situées à l'intérieur du site. Ils font l'objet d'aides financières de l'Etat (Ministère de l'écologie et du développement durable) à hauteur de 50% du montant, les 50% restants étant généralement pris en charge par l'Union européenne (FEADER). Des cofinancements éventuels peuvent être apportés par des collectivités territoriales, des établissements publics ou des acteurs locaux.

Un contrat Natura 2000 comprend :

• La liste des actions à effectuer (engagements rémunérés et non rémunérés) ;
• Les parcelles concernées avec localisation des engagments ;
• Le montant des aides de l'Etat et les modalités de versement ;
• Les justificatifs permettant le contrôle ;
• Les cahiers des charges des actions ainsi contractualisées.

Sa durée est de cinq ans.

Tout signataire d’un contrat Natura 2000 pourra bénéficier d’une exonération de la taxe foncière sur les propriétés non bâties pour une durée équivalente à la durée de l’engagement.